Η πρώτη ανθρώπινη εγκατάσταση στο χώρο τεκμηριώνεται από τα κατάλοιπα ενός οικισμού της Πρωτοελλαδικής εποχής (3η χιλιετία π.Χ.) που αποκαλύφθηκε πάνω σε έξαρμα του ψηλότερου επιπέδου του υψώματος. Η ζωή στον οικισμό συνεχίζεται και κατά τη Μεσοελλαδική και τη Μυκηναϊκή εποχή. Τότε ιδρύεται στα βόρεια του εξάρματος ένας υπαίθριος βωμός τέφρας πάνω σε λιθόκτιστο άνδηρο, με πλούσια αφιερώματα, καθώς και ένα μεγάλο άνδηρο, όπου γίνονταν τελετουργικά γεύματα κατά τη διάρκεια θυσιών.
Σ’ ένα μικρότερο άνδηρο, στο χώρο όπου αργότερα ιδρύθηκε ο αρχαϊκός και στη συνέχεια ο κλασικός ναός του θεού, αποκαλύφθηκαν μικρά ιερά οικοδομήματα, στα οποία φυλάσσονταν τα ιερά σκεύη.
Κατά την προϊστορική εποχή η λατρεία ήταν ίσως αφιερωμένη σε θεότητα της φύσης με χθόνιο χαρακτήρα. Η γειτνίαση της θέσης του Ιερού με τις πλούσιες πηγές νερού που τροφοδοτούσαν με υπόγεια ορύγματα αλλά και με επιφανειακούς αγωγούς και το Ασκληπιείο, συνηγορεί προς αυτό.
Στους ιστορικούς χρόνους, από τον 8ο αιώνα π.Χ. η λατρεία θα συνεχιστεί προς τιμήν του θεού Απόλλωνα, ως ιατρού και πατέρα του Ασκληπιού στο μύθο. Στον υπαίθριο βωμό της τέφρας τοποθετούνταν αναθήματα μέχρι και τον 4ο αιώνα π.Χ.
Κατά τον 6ο αιώνα π.Χ. κατασκευάζεται πάνω στα ερείπια των μυκηναϊκών οικοδομημάτων ένας αρχαϊκός ναός για τον Απόλλωνα, ενώ πάνω σ’ αυτόν, το 380 π.Χ., υψώνεται ο κλασικός ναός που ήταν εξάστυλος, πρόστυλος με άδυτο κατασκευασμένος από πωρόλιθο και μάρμαρο. Τη συνέχεια της λατρείας μπορεί να συνειδητοποιήσει ο επισκέπτης πάνω σ’ αυτό το άνδηρο.
Στον άξονα του ναού, σε 17 μ. απόσταση από αυτόν, ιδρύθηκε τον 4ο αιώνα π.Χ. ο μνημειώδης βωμός του θεού που ανήκει στη σπάνια κατηγορία των μνημειωδών τετράστυλων «στεγασμένων» βωμών. Ο βωμός καταστράφηκε τον 1ο αιώνα π.Χ. μαζί με τον ναό. Είχε το σχήμα μιας μεγάλης τράπεζας με μαρμάρινη επένδυση πάνω σε κρηπιδωτή βάση και προστατευόταν με μία ελαφρά στέγη που την υποβάσταζαν τέσσερις στύλοι πάνω από το κυριότερο τμήμα του.
Στα βόρεια, προς την κατωφέρεια, το Ιερό του Απόλλωνος έκλεινε με ένα ισχυρό πώρινο ανάλημμα, στο οποίο υψωνόταν μία στοά που έβλεπε στο εσωτερικό. Το έργο κατασκευάστηκε τον 3ο αιώνα π.Χ.
Η είσοδος στο Ιερό γινόταν πίσω από το ανατολικό άκρο της στοάς, όπου έφθανε ο δρόμος από το Ασκληπιείο, αφού περνούσε κάτω από το ανάλημμα. Ο χώρος του Ιερού, στα αριστερά των εισερχομένων, έκλεινε με το υπαίθριο τέμενος των Μουσών που χρονολογείται στον 4ο αιώνα π.Χ. και είχε τη μορφή ενός επιμήκους παραλληλόγραμμου περιβόλου που έκλεινε στην πρόσοψη με 9 πεσσίσκους με ξύλινες οριζόντιες κιγκλίδες. Στο νοτιοδυτικό του άκρο υπήρχε βωμός αφιερωμένος στις Μούσες.
Ανατολικά του Ιερού υπήρχε από τους ελληνιστικούς χρόνους μία κατοικία ιερέων που μαρτυρείται και στις επιγραφές.
Κατά την εποχή της ρωμαιοκρατίας κατασκευάστηκε πρόπυλο στο ΒΑ άκρο του Ιερού που περιελάμβανε τρία μέρη: ένα λίθινο κλιμακοστάσιο με 9 βαθμίδες, τον εξωτερικό χώρο (αναμονή) και τον εσωτερικό χώρο (υποδοχή) με φυλακείο και ενσωματωμένη κρήνη καθαρμού. Το θύρωμα του προπύλου έκλεινε δίφυλλη ξύλινη πόρτα.
Στον άξονα του ναού, σε 17 μ. απόσταση από αυτόν, ιδρύθηκε τον 4ο αιώνα π.Χ. ο μνημειώδης βωμός του θεού που ανήκει στη σπάνια κατηγορία των μνημειωδών τετράστυλων «στεγασμένων» βωμών. Ο βωμός καταστράφηκε τον 1ο αιώνα π.Χ. μαζί με τον ναό. Είχε το σχήμα μιας μεγάλης τράπεζας με μαρμάρινη επένδυση πάνω σε κρηπιδωτή βάση και προστατευόταν με μία ελαφρά στέγη που την υποβάσταζαν τέσσερις στύλοι πάνω από το κυριότερο τμήμα του.
Στα βόρεια, προς την κατωφέρεια, το Ιερό του Απόλλωνος έκλεινε με ένα ισχυρό πώρινο ανάλημμα, στο οποίο υψωνόταν μία στοά που έβλεπε στο εσωτερικό. Το έργο κατασκευάστηκε τον 3ο αιώνα π.Χ.
Η είσοδος στο Ιερό γινόταν πίσω από το ανατολικό άκρο της στοάς, όπου έφθανε ο δρόμος από το Ασκληπιείο, αφού περνούσε κάτω από το ανάλημμα. Ο χώρος του Ιερού, στα αριστερά των εισερχομένων, έκλεινε με το υπαίθριο τέμενος των Μουσών που χρονολογείται στον 4ο αιώνα π.Χ. και είχε τη μορφή ενός επιμήκους παραλληλόγραμμου περιβόλου που έκλεινε στην πρόσοψη με 9 πεσσίσκους με ξύλινες οριζόντιες κιγκλίδες. Στο νοτιοδυτικό του άκρο υπήρχε βωμός αφιερωμένος στις Μούσες.
Ανατολικά του Ιερού υπήρχε από τους ελληνιστικούς χρόνους μία κατοικία ιερέων που μαρτυρείται και στις επιγραφές.
Κατά την εποχή της ρωμαιοκρατίας κατασκευάστηκε πρόπυλο στο ΒΑ άκρο του Ιερού που περιελάμβανε τρία μέρη: ένα λίθινο κλιμακοστάσιο με 9 βαθμίδες, τον εξωτερικό χώρο (αναμονή) και τον εσωτερικό χώρο (υποδοχή) με φυλακείο και ενσωματωμένη κρήνη καθαρμού. Το θύρωμα του προπύλου έκλεινε δίφυλλη ξύλινη πόρτα.
